Njegovo tijelo nikad nije pronađeno, a vjeruje se da je njegovu likvidaciju naredio tadašnji zapovjednik 5. korpusa tzv. Armije BiH general Atif Dudaković, jer su imali mnogobrojna neslaganja.
Kobnoga dana zapovjednik 502. brigade Hamdija Abdić Tigar je došao po Šantića u stožer HVO-a, pozvavši ga na sastanak sa Dudakovićem u hotel Sedra.
Došavši u hotel Šantićeva je pratnja razoružana, a njemu se od tog dana gubi svaki trag.
Sin generala HVO-a Vlade Šantića, Duje Šantić, izjavio je kako više ne vjeruje da će pronaći očeve tjelesne ostatke i pokopati ih nakon što je na današnji dan netragom nestao nedaleko Bihaća, za što se odnedavno sudi skupini pripadnika bošnjačke tzv. Armije BiH.
“Nedavno sam shvatio kako nećemo nikada pronaći njegovo tijelo i riješiti ovaj slučaj”, rekao je medijima u Mostaru Duje Šantić, koji je i svjedočio na početku sudskog postupka koji se za ubojstvo njegova oca vodio pred Županijskim sudom u Bihaću.
Po njegovim tvrdnjama, odavno je jasno kako se cijeli slučaj ubojstva i nestanka tijela generala Šantića “sustavno zataškava”.
“Sve se čini kako bi se i ovaj sudski postupak završio i da se slučaj zaboravi”, dodao je.
Duje Šantić izrazio je ogorčenost što u borbi obitelji za rasvjetljivanje sudbine nekadašnjeg zapovjednika Hrvatskoga vijeća obrane u Bihaću nije nikada dobio potporu vlasti iz BiH i Hrvatske.
Naveo je kako je imao potporu tek Hrvatske republikanske stranke iz Mostara.
